Nel mese di marzo 2004 la Regione FVG, dando attuazione al decreto legislativo 517/1999, riorganizzò l’area sanitaria triestina e costituì l'Azienda ospedaliero-universitaria "Ospedali Riuniti di Trieste” articolata in Dipartimenti ad Attività Integrata (D.A.I.), nei quali afferiscono strutture semplici e complesse; nei D.A.I. si sviluppa di fatto l'integrazione tra attività assistenziali, didattiche e di ricerca.
L’Azienda ospedaliero-universitaria opera attualmente su due presidi (Ospedale Maggiore e Ospedale di Cattinara) per un totale di 1044 posti letto e circa 3000 dipendenti.

Con il protocollo di Intesa Regione FVG-Università di Trieste, le U.C.O, vennero istituiti i seguenti Dipartimenti ad Attività Integrata (D.A.I.) :
 
 

CARDIOVASCOLARE

S.C. Cardiologia

S.C. Cardiochirurgia

S.C. Medicina di Urgenza

U.C.O. Chirurgia Vascolare

 

CHIRURGIA GENERALE E TORACICA

U.C.O. di Clinica Chirurgica

U.C.O. di Chirurgia Generale

S.C. Chirurgia Toracica

S.C. I° Chirurgica

 

MEDICINA INTERNA

U.C.O. di Clinica Medica

U.C.O. di Medicina Clinica

S.C. I° Medica

S.C. III° Medica

S.C. Nefrologia e Dialisi

 

MEDICINE SPECIALISTICHE

S.C. Pneumologia

S.C. Gastroenterologia

S.G. Geriatria

U.C.O. Dermatologia

S.C. Malattie Infettive

 

TESTA e COLLO

U.C.O. di Clinica neurologica

S.C. Neurochirurgia

U.C.O. Otorinolaringoiatria

U.C.O. Oculistica

 

ORTOPEDIA, RIABILITAZIONE E    MEDICINA DEL LAVORO

U.C.O. di Clinica Ortopedica

S.C. Ortopedia

S.C. Riabilitatazione

U.C.O. di Medicina del Lavoro

 

CHIRURGIE SPECIALISTICHE

U.C.O. Urologia

U.C.O. Chirurgia Plastica

U.C.O. Odontostomatologia

 

MEDICINA PERIOPERATORIA

U.C.O. Anestesia Rianimazione Terapia  Antalgica

S.C. Anestesia e Rianimazione

 

DIAGNOSTICA PER IMMAGINI

U.C.O. di Radiologia

S.C. Radiologia

S.C. Medicina Nucleare

S.C. Fisica Sanitaria

 

PATOLOGIA E MEDICIA LEGALE

U.C.O. di Anatomia Patologica

Anatomia Patologica (ASS2)

U.C.O. Medicina Legale

 

ONCOLOGIA

S.C. Oncologia

S.C. Radioterapia

S.C. II° Medica

U.C.O. Anatomia Patologica, Istopatologica     e Citodiagnostica

 

MEDICINA DI LABORATORIO

S.C. Analisi Chimico-Cliniche

S.C. Microbiologia

 

MEDICINA TRASFUSIONALE

Immunotrasfusionale (Azienda)

Immunotrasfusionale (IRCSS)

Immunotrasfusionale (ASS2)

 

Una parte rilevante delle competenze mediche della Facoltà di Medicina e Chirurgia è dislocata presso l’Istituto di Ricovero e Cura a Carattere Scientifico (I.R.C.C.S.)  “Burlo Garofolo”  ; esse riguardano i settori ostetrico-ginecologico, pediatrico, di igiene pubblica e della genetica medica.   In questo polo ospedaliero sono attivi i seguenti Dipartimenti:
 

MEDICINA PEDIATRICA

GINECOLOGIA ED OSTETRICIA

CHIRURGIA

MEDICINA DI LABORATORIO

RIABILITAZIONE

EMERGENZA