Il monitoraggio all'interno della Riserva è stato pianificato sulla base delle linee guida caratterizzanti la ricerca in aree protette secondo le quali:
- La ricerca deve divenire uno strumento gestionale mirato a fornire mezzi, suggerimenti e conferme per una buona conduzione dell'area e verifica dell'efficacia delle scelte di gestione;
- La ricerca deve essere una delle finalità stesse della conservazione, poiché le aree protette si configurano ormai come le poche zone rimaste pressoché integre dove l'ecosistema non risulta alterato dall'intervento umano e dove è quindi possibile studiare gli equilibri naturali;
- La ricerca deve mirare a sperimentare, ottimizzare e standardizzare metodiche e protocolli che possano essere applicati in generale a livello nazionale ed internazionale.
Seguendo questi criteri si sono sviluppati due tipi di monitoraggio: uno riguardante le caratteristiche chimico-fisiche con una raccolta continua di dati di temperatura, salinità, ossigeno disciolto, nutrienti e l'altro riguardante la componente vivente con studi che vanno dal censimento delle specie animali e vegetali presenti nell'area protetta, all'etologia di alcune specie di pesci, alla registrazione di suoni emessi da alcuni crostacei e pesci, agli studi mirati alla biologia della pesca.
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