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Dal 1991 la Riserva Marina annovera tra le sue attività di conservazione anche studi sulla protezione delle specie marine minacciate quali: cetacei e rettili marini. Nel Golfo di Trieste non esistono popolazioni stanziali, ma questi grandi vertebrati transitano solitari o in piccoli gruppi nelle acque del Golfo e, se non sono in buona salute, rischiano lo spiaggiamento o la possibilità di rimanere catturati accidentalmente dagli attrezzi di pesca professionali e non. Per annotare il loro passaggio e, nel caso, provvedere al loro salvataggio, la Riserva Marina ha istituito il Gruppo di Pronto Intervento e Monitoraggio formato da biologi marini e veterinari (per il Pronto intervento cetacei i referenti sono: Marco Francese, Marta Picciulin e Paolo Zucca. Per il Pronto intervento tartarughe: Franco Zuppa e Paolo Zucca). Si tratta di un'unità operativa che fa anche da collegamento tra tutte quelle realtà che operano sul mare, come le Capitanerie di Porto e relative Delegazioni di Spiaggia, le associazioni sportive, i professionisti del settore della pesca e della maricoltura, i veterinari dell'ASL. Inoltre, si sono instaurate collaborazioni con grossi istituti e network nazionali per le metodologie di intervento e di ricerca e per la collaborazione in tempo reale nei casi di emergenza, in particolare per quel che riguarda l'ospedalizzazione degli animali. Tra questi vanno ricordati, oltre al WWF Italia, il Centro Studi Cetacei, il Thetys Research Institute, la Stazione Zoologica "A. Dohrn" di Napoli e l'Associazione Veterinari.
Nel caso di avvistamento di delfini, balene, tartarughe o altri "strani" animali nel Golfo di Trieste si può telefonare alla Segreteria della Riserva Marina (040/224147) per compilare la scheda di avvistamento, mentre qualora si incorra nell'incontro di animali spiaggiati è necessario allertare il Gruppo di Pronto Intervento presso la Riserva stessa.

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